PyMOL

PyMOL é um software de fonte disponível de um sistema de visualização de moléculas criado por Warren Lyford DeLano. Foi comercializado inicialmente pela DeLano Scientific LLC, que era uma empresa de software privada dedicada a criar ferramentas úteis que se tornassem acessíveis universalmente para as comunidades científicas e educativas. Atualmente é comercializado pela Schrödinger, Inc. Como a licença de software original era uma licença permissiva, puderam retirá-la e as novas versões já não saem com a Licença Python, mas sim com uma licença de uso de serviço (garantindo um uso amplo, redistribuição e direitos de modificação, mas atribuindo o copyright de qualquer versão à Schrödinger, LLC.), e alguns dos códigos-fonte já não estão libertados. O PyMOL pode produzir imagens tridimensionais de alta qualidade de pequenas moléculas e macromoléculas biológicas, como proteínas, sendo um programa muito utilizado. PyMOL é uma das poucas ferramentas de visualização principalmente de modelo de fonte aberta disponíveis para o uso em biologia estrutural. A parte Py do nome do programa refere-se ao facto de o programa ter sido escrito na linguagem de programação Python. O PyMOL usa OpenGL Extension Wrangler Library (GLEW) e FreeGLUT, e pode resolver equações de Poisson-Boltzmann usando o Adaptive Poisson Boltzmann Solver. O PyMOL usou Tk para os widgets GUI e tinha binários nativos Aqua para macOS através da Schrödinger, que foram substituídos por uma interface de utilizador PyQt em todas as plataformas quando saiu a versão 2.0. Nas representações feitas com o PyMOL é atribuído um código de cores aos elementos da tabela periódica.